云知识结论是，对于大多数中小型应用来说，将MySQL与应用程序部署在同一台服务器上更为合适；而对于大型、高并发或对性能要求极高的应用，则建议将MySQL和应用程序分开部署。
在中小规模的应用场景下，将MySQL和应用程序部署在同一台服务器上具有显著优势。首先，这种部署方式简化了系统架构，减少了网络通信的开销。由于数据库和应用程序位于同一台机器上，它们之间的数据交互不需要通过网络传输，从而降低了延迟并提高了响应速度。其次，单机部署便于管理和维护，减少了硬件和运维成本。管理员只需管理一台服务器，无需考虑跨服务器的配置和协调问题，这不仅节省了时间，还降低了出错的可能性。
然而，由于应用规模的扩大，特别是当用户量和数据量急剧增加时，单机部署的局限性逐渐显现。此时，将MySQL与应用程序分开部署成为更优的选择。分部署可以有效缓解单点压力，提升系统的整体性能。独立的数据库服务器可以根据实际需求进行优化配置，如增加内存、使用更快的存储设备等，以确保数据库操作的高效性。同时，应用程序服务器也可以根据业务逻辑的需求进行独立扩展，如添加更多的应用服务器来处理更高的并发请求。
此外，分部署还可以提高系统的可用性和安全性。通过将数据库和应用程序分离，即使应用程序服务器出现问题，也不会直接影响到数据库的正常运行。反之亦然。这样可以在一定程度上隔离故障，减少整个系统的风险。从安全角度来看，数据库通常包含大量敏感信息，将其独立部署可以更好地实施访问控制和安全策略，降低数据泄露的风险。
综上所述，选择哪种部署方式取决于具体的应用场景和需求。对于中小规模的应用，单机部署简单高效且成本低廉；而对于大型、高并发或对性能有较高要求的应用，分部署能够提供更好的性能、可用性和安全性。